La Combe Vatelin est située entre la forêt des Esserts et la route cantonale qui relie Courgenay à Porrentruy et bordée par la pinède de Courgenay. Comme toutes les combes, il s'agit d'une dépression de forme oblongue, évidée dans les couches tendres suivant un axe anticlinal et limitée sur les deux côtés par des crêts qui se font face. A certains endroits, des roches sont visibles sur les crêts. Les talus sont recouverts par quelques centimètres de terre. Les surfaces planes de la Combe Vatelin sont recouvertes d'une couche de terre d'épaisseur variable mais peu profonde.